Säkrare diagnoser vid ovanliga genetiska sjukdomar

I dag tar det bara ett dygn att ta fram sekvensen för en människas hela arvsmassa, det så kallade genomet. Det är numera en del i utredningen av barn som föds med ovanliga genetiska sjukdomar, berättar Anna Lindstrand, biträdande överläkare och forskargruppsledare för forskargruppen sällsynta diagnoser vid Institutionen för molekylär medicin och kirurgi, Karolinska institutet.

– Vi jämför patientens arvsmassa med ett standardiserat referensgenom, för att se i vilka delar patienten har förändringar, säger hon.

Det referensgenom som hittills har använts kallas version 38. Det kommer till 70 procent från en person, medan de resterande 30 procenten härstammar från ett hundratal personer. För ett par år sedan presenterade en grupp Uppsalaforskare en ny kartläggning som utgick från tusen svenskar, omfattande individer från olika delar av Sverige.  

Jämförde med schimpansgenom

I den nya studien har forskarna jämfört denna kartläggning med referensgenomet och hittade då drygt 60 000 DNA-sekvenser som avvek, som sammanlagt ungefär motsvarar en hel kromosom. För att förstå vad dessa delar av arvsmassan härstammar från jämförde de med DNA-register omfattande den isländska befolkningen och över den afrikanska populationen, men fortfarande kvarstod flera luckor.

– Då tittade vi på det schimpansgenom som finns och många av de saknade sekvenserna fanns där. Det tyder på att dessa delar av arvsmassan är mycket ursprungliga och att vi som bor i Sverige har en mer varierad arvsmassa än vad som tidigare varit känt, säger Jesper Eisfeldt, civilingenjör och doktorand.

Ger säkrare diagnoser

Ett uppdaterat referensgenom ger säkrare diagnoser vid ovanliga genetiska sjukdomar. 

– För tio år sedan fick bara 30 procent av individer med måttlig eller svår intellektuell funktionsnedsättning en orsaksdiagnos. I dag finns möjlighet att få en diagnos hos upp till 70 procent, men det räcker inte, säger Anna Lindstrand.

Det finns i dag 6 000–8 000 kända diagnoser inom detta område och i EU lever cirka 30 miljoner människor med dessa diagnoser. För att förstå vilka gener som saknas eller är skadade, och för att i förlängningen kunna ta fram bättre behandling, krävs internationella samarbeten.

Tinder för forskare

– Det finns ett slags Tinder för oss som forskar om ovanliga sjukdomar som kallas GeneMatcher. Där kan vi lägga upp den gen vi är intresserade av och då kan någon i USA eller Turkiet visa att de forskar på samma gen genom att gilla oss och så får vi kontakt, säger Anna Lindstrand.

Studien heter Discovery of novel sequences in 1000 Swedish genomes och publiceras i Molecular Biology and Evolution.